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Message par marrrina le Dim 19 Juin - 12:54

Voila, je ne comprends pas ce qu'est un tSNP, je trouve ça super mal expliqué dans ses slides, et l'info sur internet est un peu limitée...
Si quelqu'un pouvait m'aider parce que ca à l'aire de faciliter le génotypage !
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Re: tag-SNPs

Message par marieke le Dim 19 Juin - 13:34

Je pense bien qu'on a calé sur tous les mêmes détails incohérents du cours Marrrrinachki.

Explication : On a remarqué que certains SNP étaient transmis d'office ensemble d'une génération à l'autre (pas de c/o entre eux) et qu'il étaient justement entourés de "hot spots" de c/o. On a appelé ces groupes de SNPs des "Haplotypes". Pour chaque Haplotype on choisit un seul SNP spécifique, informatif (qui se trouve dans cet haplotype) et qui sera la référence de cet haplotype --> Ce SNP est le tSNP : on sait que tel tSNP correspond à tel haplotype.

APrès c'est plus facile à utiliser! Tu dois pas comparer chaque SNP mais juste les tSNP vu qu'il contient plusieurs SNP qui sont transmis ensemble. ATTENTION, ce que tu compares est la fréquence d'un certain tSNP (donc d'un haplotype) que tu trouves dans un certain groupe d'individu!

Par exemple pour une maladie génétique (il y'a un groupe d'invidu sain et un malade) : Tu ne dois pas comparer chaque SNP au génome sain, mais juste les tSNP car le SNP liè à la maladie est transmis avec tous ceux qui se trouvent dans l'haplotype --> Donc si la fréquence du tSNP de cette haplotype contenant le SNP lié à la maladie est élevé dans le groupe malade, c'est que que le gène mutant correspondant à la maladie ne se trouve pas loin..

Ouf, limite téléphone moi ^^

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Re: tag-SNPs

Message par marrrina le Dim 19 Juin - 14:19

looool je crois avoir compris Very Happy I love you
je vais réfléchir sur la fin et si j'ai un pb, je t'appelle oui XD

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Re: tag-SNPs

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