Question examen janvier 2012

J'ai eu : expliquer l'interférence ARN!

Ensuite ils m'ont demandé, dans le cas d'une attaque viral quelle est le mécanisme qui se produit chez les mammifères pour y faire face? -> arrêt de la transcription et phosphorylation par la PKR de eif2.

Comment la PKR reconnait-elle son substrat à savoir un long double brin d'ARN? -> Elle a des site de liaison à l'ARN qui sont éloigner les uns des autres et cela permet de ne pas détecter les petit ARN de type miARN qui interviennent dans les phénomène de régulation de l'expression génique...

Comment une protéine interagit avec de l'ARN ou de l'ADN en général? -> par liaison ionique et par accepteur donneur de protons qui se trouvent sur les bases azotées.

Bon je crois que c'est tout... pour ma part ce ne fut pas très brillant mais bon courage pour les prochains!!!

Alors moi j'ai eu "les mécanismes d'export des ARNm"

Ça part quand même biennnn dans tout les sens cet examen. Quelle poly code pour les ARN U : la poly 2. Ont-ils une queue poly A? non. Comment la cellule sait qu'il faut rajouter une coiffe aux ARN U? Histoire de la queue CTD et comment ça marche. Comment étudier la dynamique d'un ARNm dans une cellule? Le fusionner avec séquence reconnu par MS2 (du batériophage) + MS2 fusionné avec GFP. Fin c'est qu'une possibilité mais ils ont dis ok. Comment faire pour hybrider spécifiquement une sonde d'ARN avec un ARN? Sur quels facteurs jouer? Sur la température, la concentration en formamide par exemple. Et Ils ont fini par me demander comment est ce que l'ADN peut s'apparier sous forme de double hélice alors qu'il présente des charges nég a sa surface? Quelles loi de physique régit de ce type d'interaction? En gros c'est possible grâce à tous ions présents dans la solution qui neutralisent les charges (pas d'appariement d'ADN dans de l'eau pure) et la loi c'est Coulomb.

Fin au final ça a été bien que ce soit parti dans tout les sens... courage aux suivants!.

Pretoriko a écrit:Alors moi j'ai eu "les mécanismes d'export des ARNm"

Quelles loi de physique régit de ce type d'interaction? En gros c'est possible grâce à tous ions présents dans la solution qui neutralisent les charges (pas d'appariement d'ADN dans de l'eau pure) et la loi c'est Coulomb.

T'as su lacher ça... wowww!

C'est définitif pour moi tu te drogues !

non non j'ai pas su le lacher justement mais c'était genre question "bonus" en toute fin d'examen donc pas de regrets j'ai envie de dire

Moi je savais pas répondre à toutes les questions de la deuxième partie de l exam mais je crois pas que c était des bonus!!
J'ai eu expliqué la surveillance ARN (NMD) son rôle, pq c est aussi important??
Et expliquer chez les eucaryotes supérieurs et inférieurs!!
Comme question j'ai eu cmt une protéine tronquée peut amené à la formation d un cancer gnnhh ( par exemple si la protéine tronquée est un répresseur)+ expliquer syndrome de Burkitt et tumeur de wilms.
Puis j'ai expliquer toute la nmd et elle m a demander pq la DSE est une séquence degeneré (bcp de y donc choix entre plusieurs aa ce qui autorise les mutations et permet au système de dégradation de continuer)
Cmt voir qu une protéine est fixée à l ARN donc j'ai dit gêne retard et il m a demandé l explication en détail des charges présente sur la protéine et l ARN
Et pq des conditions dénaturantes ou pas
Puis mécanisme et elle me demande pq le mécanisme des levures s est complexifier en utilisant les EJC
Dans qu elle autre mécanisme intervient le EJC => apparemment l exportation mais moi j étais pas au courant lol

Donc voilà voilà j espère qu ils auront alzheimer sur la fin de l exam 😝

J'ai eu la question sur l'épissage des ARNm.

Donc d'abord parlé du mécanisme d'épissage en lui-même,

puis il a posé des questions sur les expériences de Sharp:
-qu'est-ce qu'il y a de spécial qu'il a du faire? Ajouter du formamide pour déstabiliser les brins ADN-ADN et ARN-ARN pour garder les ADN-ARN (plus stables),
-comment est-ce que je referais cette expérience si je n'avais pas de formamide? Augmenter la température pour les désapparier mais pas trop pour garder les ADN-ARN, ou alors augmenter la stringence du milieu en diminuant le nombre d'ions en solution...

puis parlé d'épissage alternatif, de comment est-ce que c'est fait, de comment la cellule peut réguler ça...
-Qu'est-ce qui se passe si un intron est accidentellement gardé dans l'ARNm? --> Forte probabilité d'avoir un codon STOP précoce donc une protéine tronquée.
-Quel est le problème avec une protéine tronquée? Risque de problème dans une régulation, aboutissant à des cancers, etc.

puis logiquement on a parlé du NMD puisqu'on était partis sur les codons STOP précoces, donc parlé du rôle important des jonctions exon-exon et du complexe de jonction, avec Upf3, etc.

Pour la postérité :
Expliquer le mecanisme de coordination de la transcription avec la maturation. En gros expliquer la queue CTD en long et en large, et la mise en place de la coiffe comment pourquoi + queue poly A + terminaison de la transcription.
Après, ils m'ont demandé d'expliquer comment savoir si une sequence de l'ADN est importante pour la poly-adenylation, en gros j'ai testé les 1000 techniques vues au cours :p et la meilleure c'est amorce oligodT sur la queue polyA + amorce du coté 5', donc reverse transcriptase puis ADN polymérase pour obtenir un ADN double brin représentatif de ton ARNm, puis PCR. Donc si tu fais des mutations au niveau de la ou les sequences importantes, y aura pas de queue polyA donc aucune amplification.

Aussi pour la postérité :
Expliquer un moyen de contrôle de la stabilité d'un ARNm

J'ai classiquement parlé du récepteur à la transférrine et de toutes le magnifiques expériences nécessaires pour en déduire la voie de régulation post-transcriptionnelle de cet ARNm et généralisation à l'ensemble des voies métaboliques qui utilisent ou pourraient utiliser ce genre de régulation.

EDIT : c'est mon 200 ème message !! ça se fête non ??