Algorithme de Smith et waterman

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Aller en bas

Algorithme de Smith et waterman

Message par Fan le Sam 21 Jan - 13:40

Est ce que quelqu'un a compris comment on construit le tableau pcq j'ai beau essayé je comprends pas cmt on peut arriver à des 0,3 ou 1,3 en enlevant 1/3???

Merci 🍺

Fan
Dopamine
Dopamine

Féminin
Nombre de messages : 84
Année d'étude : MA1
Section : Bioingénieur
Date d'inscription : 01/11/2009

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par sebastien le Sam 21 Jan - 19:34

en fait je crois qu'elle considère que 1/3 = 0,3 !!! Shocked

Dans cette technique t'as 4 possibilités de valeur pour remplir une case, tu choisis la plus grande:

- la valeur en i-1 ; j-1 additionnée à 1 ou non (si tu as similarité +1 ; sinon +0)
- la valeur max que tu trouves dans la colonne moins ta pénalité d'ouverture (P=1) moins ta pénalité d’extension (W=0,3)
- la valeur max que tu trouves dans la ligne moins ta pénalité d'ouverture (P=1) moins ta pénalité d’extension (W=0,3)
- soit 0 si rien n'est plus grand!

Je suis pas sûr de moi quant à la pénalité d’extension car dans les slides elle a mis k/3...

ça serait cool que quelqu'un confirme pcq je suis pas vraiment sûr...

sebastien
Neurotransmetteur
Neurotransmetteur

Masculin
Nombre de messages : 174
Année d'étude : MA1
Section : Bioingénieur
Option : Chimie et bioindustries
Date d'inscription : 17/09/2008

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par Pretoriko le Sam 21 Jan - 20:02

Pour la pénalité d'extension c'est bien k/3 je dirais.
Regardes la case noircie dans l'alignement local de S&W. Si la pénalité d'extension était d'office 0,3 alors la valeur de la case devrait être 3-1-0,3 =1,7 (Hi-2;j-P-W) car plus grand que 1 + 0,3 (Sij + Hi-1;j-1).
Or la case vaut 1,3. Ca signifie que la pénalité a été de 2 x 0,3 ce qui donne la même valeur que Sij + Hi-1;j-1.

Ce que j'ai l'impression c'est que quand elle fait ses 0,7-0,3 ça fait tjs 0,3 et pas 0,4. On va dire qu'elle arrondi vers le bas... Bizarrrrrrre Neutral

Pretoriko
Dopamine
Dopamine

Masculin
Nombre de messages : 87
Année d'étude : MA2
Section : Bioingénieur
Date d'inscription : 29/09/2010

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par sebastien le Sam 21 Jan - 20:08

ok je suis d'accord (je m'était basé sur une valeur de 1,7 qui est celle juste à coté j'ai sauté une colone, ... oups Razz ) Mais pourquoi tu dis que k vaut 2 ... ?? c'est quoi cette double pénalité?

EDIT : c'est la position par rapport à la plus grande valeur??

sebastien
Neurotransmetteur
Neurotransmetteur

Masculin
Nombre de messages : 174
Année d'étude : MA1
Section : Bioingénieur
Option : Chimie et bioindustries
Date d'inscription : 17/09/2008

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par Pretoriko le Sam 21 Jan - 20:12

oui c'est ca (ici 2 case sur la gauche de la case noircie

Pretoriko
Dopamine
Dopamine

Masculin
Nombre de messages : 87
Année d'étude : MA2
Section : Bioingénieur
Date d'inscription : 29/09/2010

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par sebastien le Sam 21 Jan - 20:13

Idea

Merci!

sebastien
Neurotransmetteur
Neurotransmetteur

Masculin
Nombre de messages : 174
Année d'étude : MA1
Section : Bioingénieur
Option : Chimie et bioindustries
Date d'inscription : 17/09/2008

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par Corentin le Dim 22 Jan - 0:44

Oui le k de k/3 représente le nombre de résidus à insérer/déléter pour l'alignement.

Sinon en fait elle fait bien des 1/3 et pas des 0.3... sauf qu'elle arrondit 0.33333... = 0.3 dans le tableau.
Les 0.7 représentent 0.6666... et les 0.3 représentent 0.3333...
Voilà pourquoi 0.7-0.3=0.3

Corentin
Neurotransmetteur
Neurotransmetteur

Masculin
Nombre de messages : 236
Année d'étude : Doctorat
Section : Bioingénieur
Option : Chimie et bioindustries - Option génétique
Date d'inscription : 07/11/2009

Revenir en haut Aller en bas

Re: Algorithme de Smith et waterman

Message par Contenu sponsorisé Aujourd'hui à 11:46


Contenu sponsorisé


Revenir en haut Aller en bas

Voir le sujet précédent Voir le sujet suivant Revenir en haut

- Sujets similaires

 
Permission de ce forum:
Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum