Examen 2012

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Examen 2012

Message par Hecq... le Lun 3 Déc - 17:42

Examen du lundi 3 décembre 2012:

Ils m'ont fait écrire mon nom et prénom et m'ont demandé de le traduire en acides aminés. J'ai du donner l'emplacement des charges positives à pH 6. Ensuite ils m'ont demandé une technique qui permettrait rapidement de connaitre la structure de ce peptide. J'ai cité la spectro IR et le DC. Ils m'ont demandé l'emplacement de l'amide I et II et comment reconnaitre un feuillet béta ou une hélice alpha dans l'amide I. J'ai du décrire les structure de l'hélice et du feuillet et montrer les positions des liens covalents et H. Ils m'ont demandé pourquoi le lien H entre un H et un O était tordu (j'ignorais complètement qu'il était tordu mais avec un peu d'aide de leur part et de raisonnement, ça passe king ). Il y a eut pleins d'autre petites questions dont je ne me souviens plus. Very Happy

Ensuite ils m'ont demandé une méthode pour connaitre la structure de ce peptide à haute résolution. J'ai cité cristallo et RMN. J'ai du choisir la meilleure. C'est RMN (petit peptpide donc difficile à cristalliser, moins de 70 aa donc on peut se débrouiller avec des graphes à 1 ou 2 dimensions et on a pas besoin de marquer le peptides avec N15 ou C13). J'ai eut une question sur NOESY. La dernière question a été "comment calculer les angles dièdres avec la RMN ." (j'ignorais qu'on pouvait calculer des angles de liaisons avec la RMN queen ). Apparemment il s'agit de l'équation de Kartus, personnage dont je n'avais jamais entendu parler jusqu'alors.

Ils sont sympas et m'ont fait sortir légèrement plus tôt parce que l'examen c'est bien passé. cheers A mon avis, ils cherchent des questions plus dures si ils constatent que vous connaissez bien la matière. Donc ne stressez pas trop si tout d'un coup ils vous posent une question hardcore.

Bonne chance à vous.

Hecq...
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Re: Examen 2012

Message par Nach le Lun 3 Déc - 18:03

Point de départ: on a une protéine, on connait sa séquence. Comment on fait pour savoir si elle est membranaire? (score d'hydrophobicité).

Et une fois qu'on sait si elle est membranaire ou pas, quelles méthodes sont les plus appropriées pour étudier la protéine? Quels sont les avantages et inconvénients des méthodes si on considère que la protéine est membranaire? (passer en revue rapidement IR, RMN, EPR, Cristallo).

Quelle maladie récessive implique une protéine membranaire? (mucoviscidose). Comment on a mis en évidence le souci? Pourquoi elle est récessive? (en passant: pourquoi une maladie est dominante? et pourquoi une maladie touche plus les hommes que les femmes? )

Voilà^^
Pensez 'protéine membranaire': étudier les techniques tout en ayant ces fichues protéines en tête Razz

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Re: Examen 2012

Message par Le Renard Montois O-o le Lun 3 Déc - 18:45

yop !

Moi ils m'ont demandé ce que j'avais trouvé dur dans le cours, comment savoir si deux protéines interagissent (->fluorescence).

On a parlé ensuite de la Fret, ils m'ont demandé de dessiner les 4 pics (émission/absorbance pour donneur/accepteur).

En global, pas mal de questions sur des ordres de grandeurs? (taille d'une protéine, d'une bicouche, etc...) mais ils aident au raisonnement quand on ne s'en souvient pas (jamais été très fort pour apprendre par coeur)

Sinon, le reste de l'examen s'est bien passé, pas de soucis ils sont simpa, et vous guide si vous êtes perdu ^^

VOilà, zboubilol !

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Re: Examen 2012

Message par Corentin* le Lun 3 Déc - 20:20

Alors moi j'ai d'abord dû énoncer les différentes techniques de spectrométrie qu'on a vues au cours. Ensuite, j'ai dû choisir une technique qui permet d'étudier les différentes conformations d'une protéine membranaire. Pour ça j'ai dit la cristallographie aux RX.

Après ça j'ai dû expliquer la diffraction (en gros, expliquer la loi de Bragg avec la différence de parcours) ainsi que la façon dont on cristallise une protéine (goutte suspendue).

Puis ils m'ont demandé comment faire pour analyser les différentes conformations de la protéine puisque la protéine n'est figée que dans une conformation dans le cristal. Par exemple, pour une protéine qui lie un ligand, soit on peut muter la protéine de sorte que, même sans ligand elle prenne la conformation "liée" ou bien, on peut remplacer le ligand par un ligand qui ressemble (donc la protéine va le lier) mais sur lequel la protéine ne pourra pas catalyser sa réaction (apparemment il existe des composés proches de l'ATP mais qui sont inhydrolysable) => bref le substrat reste coincé et la protéine aussi.

Après j'ai du expliquer comment on fait pour introduire des atomes lourds dans le cristal: apparemment on rajoute des méthionines de synthèse dont le soufre a été remplacé par un Sélénium (qui a la même masse que le soufre mais une densité électronique beaucoup plus élevée). Cette technique d'insertion permet de ne pas modifier la structure du cristal.

Enfin, comment évaluer des modifications de distance lors de changement de conformation
=> EPR: *CW avec deux sondes (8 à 20A°)
*DEER (20 à 80A°)
Cependant, comme une protéine "classique" fait moins de 100 A° en taille, la CW suffit pour ce genre de modification de conformation.

Voilà, sinon, on apprend pas mal de trucs pendant l'exam :p

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Re: Examen 2012

Message par Benjamin le Mar 4 Déc - 0:31

  • Expliquer la notion d'évolution convergente et divergente, avec si possible des exemples.

  • Expliquer pourquoi certaines mutations sont dominantes et d'autres sont récessives, donner des exemples.

    Parler de mutations gain et perte de fonction, j'ai donné la mucoviscidose (aussi appelée fibrose kystique si vous voulez étaler votre culture) et la maladie d'Alzheimer comme exemples.

  • Expliquer ce qu'est la maladie d'Alzheimer. Quels sont les symptômes biochimiques ? Détailler.

    Parler des fibres amyloïdes, j'ai aussi énoncé les caractéristiques desdites fibres : feuillets β, très stables, favorisent l'apparition de nouvelles fibres, etc ...

  • J'ai oublié la formulation de la question, mais c'était du genre : comment identifier des hélices α dans une protéine (ils aiment bien les question du type "quelle méthode utiliseriez-vous pour ... ?")

    Spectroscopie infrarouge. Pas cher. Rapide. Sexy.

  • Expliquer le principe de la spectroscopie infrarouge. Quelle bandes donnent des informations cruciales ? Pourquoi ?

    - Amide 1 (lien C=O) : sensible à la structure secondaire, j'ai expliqué qu'elle intervenait dans un pont H si on a une conformation en hélice α, ce qui va modifier la fréquence de vibration du lien.
    - Amide 2 (lien N-H) : le proton est labile et va pouvoir s'échanger avec le solvant, ce qui va permettre d'avoir des infos sur l'accessibilité au solvant. J'ai détaillé le principe de la manip permettant de mesurer ça : on travaille avec de l'eau lourde (l'eau normale interfère au niveau des fréquences d'intérêt) et on suit l'évolution du signal au cours du temps. On peut donc observer la vitesse à laquelle les atomes de deutérium remplacent les atomes d'hydrogène.


  • Quelles autre méthodes peuvent se baser sur cet échange hydrogène / deutérium ?

    - RMN : Le deutérium a un spin nul et ne donne pas de signal RMN, on verra donc une disparition du signal des acides aminés en contact avec le solvant.
    - Spectro de masse : le deutérium est plus lourd que l'hydrogène.

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Re: Examen 2012

Message par Berengere le Mer 5 Déc - 11:19

Bon, moi, pareil que Simon, qu'est-ce que tu as aimé ou pas dans le cours? De là, on est parti sur:
- comment tu étudierais l'interaction entre deux protéines: j'ai répondu FRET => expliquer en gros: GFP-> où on la place, donneur-accepteur-> chevauchement des spectres + en fait phénomène non radiatif+ distance entre les deux...
- ok, tu as montré que tes 2 prot sont proches, comment tu fais pour prouver qu'il y a interaction: il y a plusieurs méthodes, moi j'ai répondu cross linking => faire plus ou moins le schéma expérimental: lysat cellulaire, incubation avec la molécule qui va se lier (tiens avec quoi va-t-elle se lier comme aa? Lysine plutôt), séparation sur gel, etc jusqu'à spectro de masse
-expliquer en gros la spectro de masse
- une autre méthode pour voir une interaction prot-ligand? RMN: expliquer le principe en très gros (champ magnétique, radiofréquence et déplacement chimique) et puis si on a tous les spectres qu'on veut, avec l'adressage déjà fait et tout, comment on voit l'interaction (spectre en 2D avec titration).

Ils posent plein de petites questions à chaque fois du genre: et pourquoi tu peux dire ça? et quel aa va pas apparaître sur ton spectre RMN N-H (proline puisque pas de proton lié sur son amine à cause de la cyclisation)?
Mais généralement il y a moyen de s'en sortir si on connaît les bases et qu'on est un peu logique. Et n'hésitez pas à prendre votre temps pour réfléchir, quand ils voient que vous êtes perdu, ils posent des questions plus précises pour qu'on trouve le chemin pour arriver à la réponse Smile (genre, j'étais perdue pour le spectre RMN, ils ont dit: bon, dessine-nous un spectre. Qu'est-ce que tu veux voir?.... etc...)

Ils sont vraiment hyper gentils et ils font des petites blagues, mais c'est plus pour détendre l'atmosphère Very Happy Et comme dit Alex, ils commencent par du facile et puis ils vont de plus en plus à fond dedans... donc si ça devient dur, c'est que vous êtes sur le bon chemin ;-)
Ah, et aussi, j'ai plutôt eu l'impression que quand ils demandaient quelle technique permet de...? ils n'attendent pas une réponse en particulier, ils rebondissent simplement sur la technique que vous citez, pour autant qu'elle permette de faire ce que vous cherchez à faire. Donc, pas de panique, ne vous demandez pas laquelle ils veulent, dites la première qui vous vient (enfin, réfléchissez quand même un minimum hein Very Happy)
Bon courage!!

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Re: Examen 2012

Message par ben le Mer 5 Déc - 11:43

Ils partent vers ce qu'on aime ou ce qu'on aime pas? :p

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Re: Examen 2012

Message par Berengere le Mer 5 Déc - 19:40

euh, je suis pas sûre que ça soit l'un ou l'autre, j'ai jamais mentionné la fluorescence, mais j'ai dit que j'aimais la bio moléulaire.... j'ai plus eu l'impression qu'ils chopaient un truc que tu disais et sur lequel ils avaient envie d'interroger.

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Re: Examen 2012

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