Examen janvier 2013

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Examen janvier 2013

Message par nadia le Mar 8 Jan - 12:37

Bon alors les tis gars en gros t'arrive, pas de préparation... à l'attaque direct :-P

Question Dupont:
modèle du récepteur de Young-Kaizer: explique pq, cmt, de quoi
==> cicr pas pris en compte pr le canal IPR
==> proba d'ouverture
==> trois sites: IPR, Ca activateur, Ca inhibiteur
==> le modèle cinétique avec les cstes pour un seul cycle
==> eq d'évolution pr un état
==> la contrainte thermo
==> graphe de x3 en fonction de la concentration en Ca

questions supplémentaires: onde de phase avec le termes de diffusion de fick + les différentes possibilités (soit Ca soit IPR, lequel diffuse plus vite) ET citez les hypothèses pour expliquer les ondes glyco

FOILA :-D

Question Le Loup:
==> Expliquer les troubles du sommeil
==> Homéostat, Rythme circadien (là j'ai cité les différents syndromes possibles)
==>développe le FASPS (mutation ponctuelle, diminution de la phospo dc termes de M-M au niveau des éq d'évolution qui va changer)
==> bon après y m'a fait dessiner full graphes :un pour représenter l'avance et le retard de phase en fonction de la vitesse de phospo et un grpahe de la périodes en fonction des heures pour expliquer le syndrome d'avance de phase et un ppur un sommeil normal
==> définir cycle circatidien, cycle circalunaire (là y m'a demandé les périodes==> je savais pas ) puis rebelotte un graphe présentant les rythmes des marrées
==> citer les hypothèses pour les cycles circatidien ( indépendance des cycles, combi des deux)
==> citer des rythmes celluaires et leur période
==> sur quelle mécanisme se base ts ces cycles = boucles de rétro-action négative!

Foilààà :-D

BONNE MERTE à TOUS!

nadia
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Re: Examen janvier 2013

Message par Corentin le Lun 14 Jan - 13:33

Voici ce que j'ai eu à l'examen :

Questions Dupont :

- Expliquer le modèle minimal des oscillations de Calcium : tous les différents termes des équations dC/dt et dY/dt en expliquant un peu, avec les différents transporteurs etc. Donner l'expression des flux des transporteurs (Jrelease et Jserca --> Hill)
- Expliquer l'origine des oscillations glycolytiques (contexte, comment ça a été trouvé, etc.) et leur rôle (sécrétion d'insuline,...), sans rentrer dans les détails des modèles.

Questions Leloup :

- Floraison : expliquer le truc de Bünning, les hypothèses de coincidence interne ou externe (avec graphiques). Expliquer à quoi ressemble un modèle pour la floraison. Quel modèle du cycle circadien utiliser pour entraîner le modèle de floraison, détailler un peu le modèle choisi. Donner les facteurs importants pour la floraison (NO, Co,...)
- expliquer rythmes circatidiens, et les hypothèses qui vont avec (1 seul rythme qui fait 2 pic chaque jour, ou deux rythmes en parallèle et couplés...) et circalunaire.
- NF-KB : expliquer un peu comment ça fonctionne (rétroaction négative, dégradation de IKB, resynthèse, etc.), dessiner un schéma du modèle.



Et au passage, si Frédéric ne voit pas d'objection, je met ici les questions qu'il nous avait envoyées par mail, pour qu'elles soient accessibles aux générations futures :p

Partie 1:
-Donner les étapes réactionnelles du modèle de Selkov (glycolyse) et expliquer (les différents termes etc). Elle demande rien du calcul ni de l'adimensionnalisation, elle a juste demandé si je connaissais le résultat final en disant que sinon c'était pas grave
-Représenter l'espace des phases, les nullclines et l'état stationnaire dans le cas du modèle de Selkov
-Dans le cas des oscillations de calcium, que sont les oscillations de phase, à quoi sont-elles dûes
-A quoi correspond l'excitabilité, représenter graphiquement (évolution temporelle et espace des phases)
-Comment représente-t-on la liaison intercellulaire dans le cadre des modèles d'oscillation du Calcium (mais elle a dit elle même que c'était pas important)

Partie2:
-Expliquer de manière schématique les éléments des modèles du cycle circadien (boucle de rétroaction négative, ajout d'éléments intermédiaires etc)
-Citer des cycles cellulaires, leur période et leur représentation schématique (dessiner les éléments des modèles minimaux, les boucles de rétroaction)
-Expliquer le schéma du modèle minimal dans le cas de NFKB
-Expliquer les termes apparaissant dans les modèles classiques (termes linéaires, MM, Hill) et expliquer dans quels cas on utilise un terme ou l'autre (production, degradation, transport cytoplasmique...)
-Expliquer les différents moyens d'arriver à avoir des oscillations dans un modèle
-Quelle est la différence au niveau des cycles circadien et annuel entre un renne et un raton-laveur; quel est le rôle de la mélatonine dans ces cycles

Ils sont plutôt sympas et effectivement ils demandent à peu près pas d'équation (en tout cas dans mon cas); le seul truc qui ressemble à une équation que j'ai dû faire c'est le schéma réactionnel de Selkov donc tranquille, le reste c'est juste des dessins et des concepts vagues. Et si ya un truc que tu sais pas ils passent direct à la suite sans chercher à insister.

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Re: Examen janvier 2013

Message par Fan le Lun 14 Jan - 14:03

Dupont:
Feuille avec les null-clines de Y et C pour le Calcium pour beta=0,1 et beta=0,3 sans indication dire laquelle est quoi montrer les flux de vitesses dire si état stationnaire stable mettre les équations et montre comment on sait ou C et ou Y augmente! Expliquer excitabilité dans le graph et par rapport au temps.
Modèle de selkov (dire cmt on passe de plusieurs a deux équations=quasi stationnarité)+et expliquer son défaut ( tient pas compte de la vitesse d'injection du substrat) quel modèle en tient compte? => goldbeter et Lefèvre + faire les graph de nullclines pour les deux modèles

Leloup: phénomène d'excitabilité dure + graph bifurcation de hopf et graph par rapport au temps
Parler du modèle qui relie l'horloge circadienne et le cycle cellulaire avec wee1 et cmt il a été trouvé ( western blot)
Modèle minimal de nfkb et mécanisme moléculaire (dire aussi que les ikb sont constitutif sauf alpha qui est régulé par nfkb)
Cycle circatidal et circalunidien exemple+ les 2 hypothèses

Voilà ;-)

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Re: Examen janvier 2013

Message par EmiLie le Lun 14 Jan - 15:02

Partie dupont :
-Modèle minimal pour les oscillations de calcium (ne pas rentrer dans les détails, juste équations dc/dt et dy/dt) Quelle est la valeur de C à l'état stationnaire ? Que peut-on tirer de cette valeur?(=quel effet sur [calcium] si k augmente/diminue, si on augmente/diminue stimulation)
Problème majeur avec ce modèle ? (inhibition pas prise en compte) Comment y remédier -> expliquer brièvement un modèle qui permet d'en tenir compte (J'ai pris celui avec S(ijk)). Contraintes thermodynamiques=?
- Rôle des oscillations en général, avantages d'avoir un signal codé par la fréquence ?
- Analyse de stabilité linéaire très simple : cas d'un seule variable (X dégradé et synthétisé)

Partie Leloup :
- Un exemple de cycle cellulaire (j'ai pris p53). Explications assez brèves : à quoi servent ces oscillations ? signal qui les active ? effets ? boucle de rétroaction négative. Moyens de mieux tenir compte des oscillations ? Comment ces oscillations sont-elles modélisées ? Existe-t-il un autre moyen de le faire ?Est-il possible de changer le modèle de manière implicite et pas explicite ? (= sans changer le modèle mais juste les équations): oui en introduisant directement un délai.
-Lien entre troubles du sommeil et cycle circadien. Sommeil seulement influencé par cycle circdien? (nop, homéostat) Types de troubles ? Quelle est l'origine du problème chez personnes atteintes du FASPS ? (->défaut phosphorylation per2) Graphique période en fonction de la vitesse de phosphorylation chez eux. Puis a creusé sur non-24h -> cycle périodique ? (non : quasi périodique...)
- Lien entre cycle annuel et cycle circadien : avec l'exemple du hamster (ou du bouc :p ) et de la prolactine. Qu'est-ce que la période réfractaire ? 2 modèles-2 hypothèses pour expliquer ces cycles : celle de coïncidence interne et celle de coïncidence externe

Plus ou moins quoi drunken (mémoire de poule)

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Re: Examen janvier 2013

Message par Charlotte le Lun 14 Jan - 16:00

Bongour bongour.

GENEVIEVE :
- expliquer brievement le modele godmachin (celui après selkov, j'ai déjà oublié le nom)
- expliquer la propagation d'onde intercellulaire, terme de fick, onde de phase, terme de jonction GAP dans le modèle ect... et la variation d'IP3, savoir refaire l'equation avec la vitesse de synthèse, vitesse de dégradation et terme de diffusion (blaaablaaabla.)

LELOUP :
- 1er modèle de l'horloge circadienne chez la petite mouche
- parler du papillon monarque, et comment on a su que l'horloge circadienne est liée à sa migration
- cycle cellulaire : p53/Mdm2, expliquer la boucle, comment introduire un délai (les 3 trucs : etapes en +, boucle de rétroaction positive en +, dégradation enzymatique en +) et pourquoi rajouter un délai (pour avoir des oscillations).

Avec pour chaque point des petites questions plus détaillées que mon cerveau a déjà laissé filer dans les méandres de mon subsconscient.

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Re: Examen janvier 2013

Message par Pretoriko le Mar 15 Jan - 15:57

Partie Dupont :

-Re-expliquer l'exemple du début du cours avec une variable X qui est dégradé par une cinétique kd et synthétisé par ks. Montré que la solution qu'on obtient est toujours stable. (J'm'y attendais pas à celle là ^^)

-Donner les différentes solution possible d'un modèle à 2 variables (noeud stable / instable, foyer stable / instable, centre , point de selle).

-Quels sont les différents comportements qu'on observe loin de l'équilibre? Etat stat stable, bistabilité, cycle limite, explosion, bursting, chaos... Est ce que la bistabilité existe dans le monde biologique? Apparemment oui...

-L'onde de phase : expliquer quand ça intervient. L'histoire avec l'équation de Fick et les 3 hypothèses pour expliquer la propagation des oscillations de Ca à travers une cellule.

Partie Leloup:

-Le rythme circadien, donner les différentes pathologies liées au sommeil. Développer le FASPS. Qu'est ce que la modélisation nous à apporter pour cette pathologie? L'histoire avec le graphe de la période et phase en Y et taux de phosphorylation de PER en X.
-Citer des exemples de rythmes moléculaires avec leur période (NFkappaB, Hes, p53...)
Et y en avait une 3ème mais je me souviens plus là... Mad

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Re: Examen janvier 2013

Message par Fan le Mar 15 Jan - 16:34

Pauvre Nico!!! J'aurais eu zéro avec les questions de Dupont :-S
J'avais passé ces slides la!

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Re: Examen janvier 2013

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