Questions d'examen: Janvier 2013

J'ai tiré "décrivez un mécanisme de stabilisation d'un ARNm"

J'ai expliqué la stabilisation du récepteur de la transferrine: IRE en 5' UTR---> Aconitase s'y fixe quand [Fe] basse

**Puis ils m'ont demandé en quoi ça stabilise l'ARNm de fixer l'aconitase: L'aconitase empêche l'action des endonucléases
**"où trouve-ton aussi cette enzyme?": Cycle de Krebs
**"Une fois que l'endonucléase à clivé, comment l'ARN est-il dégradé?": Exonucléase 5'-3' (= exosome) car il n'y a plus de queue poly A (avec PABP) pour protéger l'ARNm.
**"Est-ce que l'IRE-Aconitase participe aussi à un autre mécanisme de régulation?: Traduction de la ferritine avec le fonctionnement et "pourquoi est-ce qu'il y a traduction quand l'aconitase n'est pas fixée alors qu'il y a une structure secondaire?": activité hélicase de eif4A

Questions suivantes:

** on a parlé de l'initiation de la traduction puis des systèmes avec IRES (en quoi c'est utile pour le virus: il clive eif4G et inactive la traduction dépendante de la coiffe donc seul ses ARNm's avec IRES vont être traduits ===> détournement de la machinerie traductionnelle de la cellule).

** techniques pour analyser la fixation des protéines à un ARNm: retard sur gel => explication du principe (ARNm marqué radiactivement + lysat cellulaire ====> migration sur gel). Puis ils m'ont demandé qu'est-ce qui différenciait la méthode de migration de protéines (seules) sur gel et la migration d'ARN+protéines: pour la migration de protéines, on les sature au SDS pour homogénéiser la densité de charge - des protéines pour qu'elles ne migrent qu'en fonction de leur masse. Pour la migration protéine+ARNm on n'emploie pas de SDS parce qu'il va faire décrocher les protéines par compétition et en plus, la charge propre des protéines est négligeable en comparaison de la charge de l'ARN.


PS: Pour cette question on pourrait aussi parler de la régulation de la stabilité de l'ARNm des histones qui sont stabilisés par SLBP sur leur tige boucle HDE (mais bon après faut tout expliquer avec la régulation de SLBP en fonction du cycle cellulaire===> cyclines,...)

Interférence à ARN, ils se sont pas écarté du sujet, Gueydan ne savait pas ce qu'on avait vu en cours donc m'a demandé d'après moi d'où venait ce système, pourquoi DICER clive à une taille constante de 21 nucléotides, dans quelles applications on pourrait utiliser, etc.

Alors j'ai tiré comme question générale: NMD: implications, chez les eucaryotes inférieures et supérieures

Alors après c'est parti dans tous les sens: maladies qu'on peut avoir, lien de l'interférence et la mitose, NAD+, ...

Bref j'ai eu droit à tous les chapitres. Mais franchement c'était plus une discussion. Genre à la fin, j'en pouvais plus et ils me posaient des petites questions pour arriver à la réponse.

Tu connais les principes généraux, tu as 12 et puis tu montes dans le "level".

Mécanismes d'export de l'ARN messager. Bon, j'avais mal lu, j'avais pas vu messager, donc j'avais préparé l'export de chaque ARN.... Et j'ai commencé par les exportines
** Comment ça se fait que GEF est du côté noyeau et RanGAP du côté cytoplasme -> séquence d'adressage (NES et NLS) respectivement.
*** oui mais, comment ça s'établi au début? Puisque ce sont ces molécules qui établissent le sens des transport, comment se retrouvent-elles chacune du bon côté? -> au moment de la division: perte de noyau et affinité particulière de GEF pour qqch qui va se retrouver dans le noyau (genre protéine membranaire interne, chromatine....) (et non, c'est pas dans le cours, cherchez pas )

Du coup: est-ce que c'est le mécanisme majeur pour les ARNm => non, même si ça existe. => Yra de Levure et REF/Aly de eucaryotes supérieurs dépendant de l'épissage. Mais tous les ARN sont pas épissés
** est-ce que tu connais la structure du pore? Pourquoi un tel système est-il nécessaire? -> fil hydrophobe qui empêche la diffusion des molécules trop grosses => nécessité d'un système de transport pour ces protéines
** Tu connais un ARN pas épissé mais important pour la cellule? (pas dit non plus au cours) -> histone! Pas de queue polyA non plus... et apparemment, son export dépend de la structure en tige boucle (et non, ça n'a pas non plus été vu au cours.... Kruys l'a dit elle-même pendant l'examen )
** rôle de cette structure en tige boucle? -> SLBP, stabilisation.... **intérêt pour la cellule? contrôle lors du cycle cellulaire: histone nécessaires massivement et rapidement=> intérêt d'avoir un système de régulation relativement global pour ces protéines
** Tiens, comment se passe la maturation de l'ARN d'histone et comparer avec la maturation des messagers classique? -> structure en tige boucle et séquence HDE pour histone et AAUAAA et CA et pyrimidine sinon.....
** Clivage?? Complexe snRNP d'un côté et protéique de l'autre.
** quel type d'snARN? U
** un autre petit RNA, impliqué dans une fonction importante de la cellule?? -> pas trouvé.... =>** dans la voie des protéines sécrétées? -> il y en a un dans la particule de reconnaissance du signal des protéines de la voie de sécrétion (pfiou!! )
**autres petits ARN?? miRNA, siRNA... **fonction? régulation **export? exportine 5, reconnaît la structure secondaire
**autre protéine dans la cellule qui reconnaît les ARN doubles brins? -> PKR: réponse immunitaire aux ARN viraux, critère de taille sinon réponse aux miRNA de la cellule.

Bref, ça part bien dans tous les sens, ils grattent s'ils voient que ça va, sont hyper gentils et posent des questions pour aider quand on coince

Bon amusement! ( JEEEEEEEEEEEJ les gars, on est à la moitié!!! )

Pour la postérité:

-Comment les promoteurs proximaux influencent-ils l'expression de certains gènes ?
Donnez deux exemples pour illustrer votre raisonnement.

Faut parler des facteurs de transcription évidemment. Perso, j'ai donné comme exemple la phosphorylation dans la voie JAK-STAT et de la désinhibition de N kappa B. Parler du rôle du transport vers le noyau.

Par je ne sais quel sortilège, on est parti sur les stéroïdes+exemples d'autres molécules qui passent par la membrane plasmique sans passer par la case récepteur.
Et puis on est parti en vrille et en diagonale sur tout le cours, pour finir sur les facteurs initiateurs de traduction

Voilou,

Zboubilol !

Même question que Simon.

Mais là il m'a baladé sur l'insuline et le glucagon, ce genre de réjouissances...
Et puis ils posent plein de petites questions qui partent dans tous les sens.