Question d'examen + liens utiles pour comprendre le cours

Yo !
Les questions d'examens sont à peu près les mêmes chaque année.

On a eu
1. un chercheur récolte des variables écologiques (pH, humidité, nutriments,...) dans un ensemble de station dans lesquelles il mesure aussi les espèces. Comment représenter la structure de mes stations ? ACP stations en fonction des variables écologiques + AFC des stations en fonction des espèces qui y sont
Comment vas-tu former des groupes et ordiner ton échantillon? tu fais un mix de ces ACP et AFC, c'est à dire une analyse de gradient directe.
J'ai choisi de ne pas répondre à cette question donc je ne m'en rappelle pas très bien
2. Tu as un jeu de données de variables quantitatives. Vas-tu utiliser l'ACP ou l'AFC? ACP car méthode visant à faire des corrélations alors que l'AFC fait des associations
3. Quels sont les avantages de l'indice de Gower par rapport à distance euclidienne? Gower fait des pondérations pour chaque variable donc on peut comparer des stations décrites par des variables hétérogènes
4. Les indices de distance sont-ils influencés par les doubles absences? Ca dépend de l'indice. Si on veut qu'ils le soient, on prend par exemple l'indice de simple concordance. Sinon, si on ne considère pas que les doubles absences sont un critère de ressemblance, on prend par exemple l'indice de Jaccard
5. Donner un exemple d'utilisation de l'analyse de gradient directe. Quelles sont les différences avec l'analyse de gradient indirecte? On récolte des esp de champi dans des stations dans lesquelles on fait aussi des mesures de variables écologiques. Gradient directe visera à maximiser l'explication de la répartition d'espèces par (des combinaisons linéaires des ) les variables écologiques alors que indirecte visera à les séparer en fonction des stations où elles sont (cas typique: l'AFC).
6. Qu'est-ce que l'effet d'arche sur les graphiques d'ordination ? T'as un gradient: les espèces du gradient devraient être réparties sur une droite. Mais à cause des doubles absences, dont sont influencés les indices de distances de mes méthodes d'ordination ( euclidienne pour ACP, du chi² pour AFC), mon analyse sera "trompée" par ces doubles absences qui provoqueront des ressemblances "à tort". Donc au plus il y a de doubles absences entre deux stations éloignées, au plus elles seront attirées entre elles : imaginer des aimants le long d'une barre de fer (la barre de fer est mon axe principal de mon ACP/AFC). Les aimants d'une moitié de la barre sont + et de l'autre sont - (les + et - s'attirent entre eux). Ces aimants sont de plus en plus petits au fur et à mesure qu'on va vers les extrémités de la barre. Mais à cause de ces doubles absences, imaginez que les aimants en périphérie sont de + en + gros au fur et à mesure qu'on se rapproche des extrémités (au fur et à mesure qu'ils accumulent des doubles-abs) de telle sorte que les extrémités s'attirent entre elles et que la barre se plie. Heureusement il existe des méthodes pour redresser ces arches: DCA (voir http://vrossi.free.fr/DONNEES/ordinationFR.pdf slide 40)  
Voilà c'est tout. On a pas mal galéré cette année, le prof a tracé comme un fou en cours et les slides sont pas fort expliqués. Voici donc des liens internet qui nous ont bien aidés : http://vrossi.free.fr/DONNEES/ordinationFR.pdf    et     www.edu.upmc.fr
De toute façon l'exam est très faisable, il paraît que personne ne l'a jamais raté