Question d'examen 2012-2013

Première question: le repliement des protéines est-il réversible, coopératif et tout ou rien? (parler des graphes des G en fonction du chemin de réaction, annoter les intermédiaires, dire ce que veut dire 'tout ou rien',.... assez simple).

Deuxième question: parler de la technique de la géométrie des distance. C'est la dernière partie du chapitre sur les structures, je l'avais donc un peu laissée tomber. J'aurais pas dû. Je ne sais donc pas clairement ce qu'elle veut entendre sur ça. Elle a essayé de me faire faire des liens avec la RMN...J'ai pas compris grand chose :/ C'était un peu le carnage.
Rmq: elle est pointilleuse.

Elle m'a dit à la fin que c'était bof, que j'allais réussir mais que c'était du tout juste :/

Je n'en garde pas un bon souvenir ^^

Première question: décrire un potentiel semi-empirique: donc la formule analytique avec toutes les expressions d'énergie et tout et tout.... faire des liens avec le potentiel statistique: donc bien faire attention à ce qui est supposé constant dans chaque cas. Quand ça roule, elle demande plus de détails et comme dit Nath, elle est pointilleuse (si elle veut un mot précis, elle n'en prendra pas un autre )

Deuxième question: décrivez un algorithme de comparaison de structure, donc l'histoire de segmenter des protéines, de comparer les segments 2 à 2, faire les calculs de rms..... faire des groupes (bon là, en fait, l'arbre pas clair dans les slides, il est fait comme pour les groupement hiérarchique ascentionnels: on groupe d'abord les rms les plus bas!! juste dans ce cas-là l'algorithme est modifié pour pouvoir prendre un groupe plusieurs fois....). Enfin, extension et calcul de rms jusqu'à dépassement d'une valeur seuil (et elle voulait ce mot-là en particulier, juste lui dire qu'on fait le calcul jusqu'à ce que ça devienne trop grand ne lui plaît qu'à moitié ) Elle a posé des petites questions en plus du genre: pourquoi est-ce qu'on compare par segments? -> parce qu'on ne compare pas nécessairement des protéines similaire et si on essaie de tout superposer d'un coup, ça risque fort de pas marcher. Ne pas oublier de lui dire qu'on segmente d'abord les protéines parce qu'elle m'a tanné jusqu'à ce que je lache ça (dans mon esprit, comme je venait de lui dire qu'on comparait des segments de protéines, ça me semblait implicite, mais non, il faut lui dire).

Voilà, au final, elle m'a dit que c'était bon, même si j'ai beaucoup chipoté pour la deuxième question parce que je ne voyais pas où elle venait en venir avec ses questions. Ceci dit, elle ne laisse pas complètement dans le vent si elle voit qu'on ne comprend pas, elle essaie de poser la question différemment, en tout cas, c'est ce qu'elle a fait avec moi.

Pas un examen très chouette, mais elle n'a pas été cassante ou méchante, donc, il y a pire. Et si on garde à l'esprit qu'elle est très pointilleuse et qu'elle veut les mots clés qu'il y a dans son cours, ça va plus ou moins.
Bon courage!!

• Paradoxe de Levinthal
  
• Différence entre stabilité thermique et thermodynamique

En prime j'ai eut droit aux petites sous-questions habituelles (entonnoir de repliements, graphes d'évolution de l'énergie libre, signification physiques des équations, compatibilité d'une descente de l'entropie de la protéine avec le deuxième principe de la thermo, etc) et à quelque questions plus dures :

"Exemple de cas où l'on peut observer un état intermédiaire". J'ai parlé de la GFP qui prends un temps très long pour se replier dans sa conformation finale et des dimères où l'on observe d'abord la conformation monomère. "Pourquoi la corrélation entre deltaG et la température de dénaturation n'est t-elle pas toujours la même ?" Il faut répondre que l'enthalpie et l'entropie sont toute deux directement dépendantes de la température mais qu'elles peuvent y répondre de façon différente. Du moins c'est ce que j'ai compris de son explication parce que je n'ai su fournir que la moitié de la réponse.

Elle ne m'a pas parlé du rapport et m'a dit que ça c'était bien passé.

Repliement des protéines et structure des protéines membranaires

* Méthode de détermination de la structure des ARNs

Avec en prime la question qui tue "est-ce qu'on pourrait employer des algorithmes de détermination de structures des protéines pour les ARNs?"
---> bon apparemment oui si on adapte les paramètres et les fonctions d'énergie parce bon, c'est quand même pas la même chose.
Par comparaison apparemment on a pas encore assez de structures résolues pour le moment pour qu'on puisse l'appliquer...."blablablabla..."

* Paradoxe de Levinthal

Connaître bien tout ce qui concerne les dG° et tout le tralala...

Très chouette exam...

PS: Si on ne connaît pas bien un truc, ça devient le sujet principal de la conversation.

Pour la postérité :

- phylogénie (hé oui, je l'ai pas vue dans les questions des années précédentes !! donc ne pas négliger une partie sous prétexte qu'on la voit jamais dans les questions d'exams ^^)

- modélisation conformationnelle.

Les petites questions qu'elle m'a posées j'm'en souviens plus trop, mais c'était pas insurmontable