Electrophorèse bidimensionnelle

Dans le seul cours qu'on a eu avec Vandenbussche, à un moment, il dit que pendant la séparation en fct du pH iso , qu'il utilise :

1) Un agent chaotropiqe (urée) . Ca veut dire que cette première dimension est dénaturante alors ? Pourtant j'avais cru comprendre que c'était juste l'électrophorèse non dénaturante avec gradient de pH la premiere dimension... :s
2) deuxieme question : il utilise un agent zwitterionique .Mais j'ai noté comme exemple le SDS ... :s pourtant il est ultra négatif le SDS ... j'ai mal noté?

Merci

Touf Touf a écrit:1) Un agent chaotropiqe (urée) . Ca veut dire que cette première dimension est dénaturante alors ? Pourtant j'avais cru comprendre que c'était juste l'électrophorèse non dénaturante avec gradient de pH la premiere dimension... :s

C'est le tampon de solubilisation (la matrice) qui va etre dénaturante ou non... Ca ne depend pas des axes je pense...
Je n'ai pas entendu quand il a dit ca :X

Touf Touf a écrit:2) deuxieme question : il utilise un agent zwitterionique .Mais j'ai noté comme exemple le SDS ... :s pourtant il est ultra négatif le SDS ... j'ai mal noté?

Le SDS est zwitterionique donc globalement neutre: il a un phosphate et un Na+. Mais il a un coté de sa chaine chargé négativement dû au phosphate.

Annabelle a écrit:
Le SDS est zwitterionique donc globalement neutre: il a un phosphate et un Na+. Mais il a un coté de sa chaine chargé négativement dû au phosphate.

SDS = " chaine carbonée--oxygène--SO3- + Na+ " donc déjà c'est bof comme zwiterrion parce que la définition du zwitterion = une espèce chimique moléculaire possédant des charges électriques formelles d’une unité, de signes opposés et situées en général sur des atomes non adjacents.

Soit, admettons qu'il soit neutre .
Ca remet en question son activité dans l'électrophorèse dénaturante alors !
De ce que j'ai compris de l'électrophorese dénaturante, le SDS dénature les protéines et se fixe dessus .
Or le SDS est négatif ( c'est peut etre mon interprétation qui est fausse hein ! ) et donc en sa présence, toutes les protéines vont avoir une charge négative proportionnelle à leur masse molaire.
La charge native des AA est négligeable par rapport à celle du SDS bla,bla,bla !

C'est flou dans ma tête !

Checke dans ton super bouquin de Bioch poule, et fais profiter de la réponse à tout le monde sur le forum;-)

J'ai posé cette question avec le bouquin (ouvert ( à la bonne page )) sur mes genoux ...

Je ne sais pas si tu as finalement tout compris à ce sujet, donc je fais un petit bilan pour éclaircir un peu :

Première dimension : Le tri se fait selon le pH isoélectrique des protéines. On ajoute souvent des agents dénaturants (comme l'urée), pour éviter que des charges soit "cachées" lorsque la protéine est sous forme compacte.
Lors de cette étape, les agents dénaturants ne modifient pas la charge nette de la protéine.

Deuxième dimension : Le tri s'effectue selon la masse moléculaire de la protéines. On ajoute un dénaturant spécial: le SDS. Les molécules de SDS vont recouvrir totalement les protéines, et vont conférer à la protéine une charge négative, proportionnelle à la masse de la protéine.
On peut donc dire que le SDS cache complètement la vraie charge de la protéine.

Par conséquent, le SDS n'est jamais utilisé dans la première dimension.

Le SDS est globalement neutre, mais quand il se lie aux protéines, le Na+ se barre apparemment. C'est un sel en gros... Donc je ne pense pas que cela soit un zwitterion(mais je suis pas sûr)


Voilà, je ne sais pas si je suis très clair, mais j'espère t'avoir aidé ^^

Ouais je suis d'accord avec toi
Merci