Algorithme de Smith et waterman

Est ce que quelqu'un a compris comment on construit le tableau pcq j'ai beau essayé je comprends pas cmt on peut arriver à des 0,3 ou 1,3 en enlevant 1/3???

Merci 🍺

en fait je crois qu'elle considère que 1/3 = 0,3 !!!

Dans cette technique t'as 4 possibilités de valeur pour remplir une case, tu choisis la plus grande:

- la valeur en i-1 ; j-1 additionnée à 1 ou non (si tu as similarité +1 ; sinon +0)
- la valeur max que tu trouves dans la colonne moins ta pénalité d'ouverture (P=1) moins ta pénalité d’extension (W=0,3)
- la valeur max que tu trouves dans la ligne moins ta pénalité d'ouverture (P=1) moins ta pénalité d’extension (W=0,3)
- soit 0 si rien n'est plus grand!

Je suis pas sûr de moi quant à la pénalité d’extension car dans les slides elle a mis k/3...

ça serait cool que quelqu'un confirme pcq je suis pas vraiment sûr...

Pour la pénalité d'extension c'est bien k/3 je dirais.
Regardes la case noircie dans l'alignement local de S&W. Si la pénalité d'extension était d'office 0,3 alors la valeur de la case devrait être 3-1-0,3 =1,7 (Hi-2;j-P-W) car plus grand que 1 + 0,3 (Sij + Hi-1;j-1).
Or la case vaut 1,3. Ca signifie que la pénalité a été de 2 x 0,3 ce qui donne la même valeur que Sij + Hi-1;j-1.

Ce que j'ai l'impression c'est que quand elle fait ses 0,7-0,3 ça fait tjs 0,3 et pas 0,4. On va dire qu'elle arrondi vers le bas... Bizarrrrrrre

ok je suis d'accord (je m'était basé sur une valeur de 1,7 qui est celle juste à coté j'ai sauté une colone, ... oups ) Mais pourquoi tu dis que k vaut 2 ... ?? c'est quoi cette double pénalité?

EDIT : c'est la position par rapport à la plus grande valeur??

oui c'est ca (ici 2 case sur la gauche de la case noircie

Merci!

Oui le k de k/3 représente le nombre de résidus à insérer/déléter pour l'alignement.

Sinon en fait elle fait bien des 1/3 et pas des 0.3... sauf qu'elle arrondit 0.33333... = 0.3 dans le tableau.
Les 0.7 représentent 0.6666... et les 0.3 représentent 0.3333...
Voilà pourquoi 0.7-0.3=0.3