Questions examen 2012

Salut à tous,

alors voici mes questions:

- Décrire les différents algorithmes de prédiction de structure secondaire

Là, j'ai expliqué les propriétés physico-chimiques, GOR, et la prédiction de structure en hélice alpha dans les membranes. Enfin, elle m'a demandé d'expliquer les truc à neurones (et c'est ici que les romains s'empoignèrent... ) et bon... J'ai répondu comme je pouvais et elle m'a dit que c'était très vague... (sans blague!)

- Expliquer le paradoxe de Lévinthal

Elle m'a demandé de dessiner en 3D un cône de reploiement avec les axes et de faire un graphe du reploiement d'une protéine (etat dénaturé vers état natif) avec en ordonnée l'énergie libre...

Voilà! bonne chance aux prochains!

EDIT: Elle m'a aussi cassé en me disant que mon rapport c'était de la merde!!

1) les interactions qui stabilisent les protéines
Dessiner l ADN avec des ponts H, expliquer avec précisions l empilement pi: pourquoi un excès de charge négative sur deux aromatiques s attirent et ne se repoussé pas? :-s expliquer l effet hydrophobe avec le positionnement des molécules d eau et si deux molécules hydrophobes se rassemblent...
2)exPliquer les puce ADN
Ça paraît facile mais ça ne l est pas lol
Quand elle veut un mot elle le lâche pas ;-)
Expliquer la dépendance au temps?
3) rapport
Pq les alignements sont meilleurs pour les bases de données de séquence que de structure? Ça paraît facile mais devant elle je trouvais pas hihi
C pcq les bases de données de structure sont un sous ensemble des bases de données de séquence :-) youpi

J'ai eu
-prédiction abinitio
-algorithme de géométrie de distances
Comme les 2 questions que j'ai tiré étaient liées, elle m'a également demandé de parler des repliements de protéines et du diagramme en entonnoir. Le truc important et que je savais pas c'est par rapport aux axes. En fait l'enthalpie est bien verticale et l'entropie correspond au rayon de l'entonnoir (important au début et mini pour la structure native).
Aucune question sur le rapport par contre. Voilou
Bonne merde aux suivants

J'ai eu :

-Quelles interactions stabilisent la structure native des protéines.
bon ben décrit toutes les interactions, avec formules, et puis c'est tout. Elle demande le détail de comment ça fonctionne, style mise en commun d'orbitales, délocalisation d'électrons, etc.

-Le reploiement des protéines est-il un phénomère réversible, coopératif, et tout ou rien?
la réponse est plus ou moins oui partout, donc pour réversible, j'ai parlé de l'expérience d'Afinsen sur la ribonuclease, des différents facteurs dénaturant... pour coopératif, j'ai parlé du fait qu'au début ça va plus lentement puis beaucoup plus vite quand des parties de structures sont déjà formées (elle a aussi demandé comment on peut le voir expérimentalement), et pour tout ou rien, c'est parce que les intermédiaires sont transitoires, ne s'accumulent pas et restent toujours en très faibles quantités (pour petites protéines, mais attention, il peut y avoir des intermédiaires pour les grosses).
Elle a demandé de dessiner au tableau un graphique du "chemin" énergétique de la protéine de l'état dénaturé à l'état natif, et la graphique de l'énergie libre en fonction de T.

Pas de question sur le rapport, car il était assez bon, selon elle.

Bref, j'ai pas dit un mot de bioinformatique sur tout l'examen... Uniquement des interactions, de la thermo, du reploiement...

- Expliquer la thermodynamique du reploiement
- Expliquer des programmes de prédiction de structure d'ARN