Questions d'examen janvier 2012

Théorie :
1) Avantages du modèle de coalescence par rapport au modèle Wright-Fisher pour la transmission des gènes d'une génération à l'autre.

2) Quelle forme de généalogie donnerait une population ayant subi un bottleneck, toutes les copies coalescent en 2N générations (où N=taille de la population). La génénalogie d'un seul locus permet-elle d'être sûr de l'existence du bottleneck? La généalogie de 10 loci permet-elle d'être sur du bottleneck?

3) On a deux grandes populations d'une même espèce de plante hermaphrodite, l'une située au Gabon, l'autre sur l'ile de Sao Tomé (à 200km des rives du Gabon). Les sous populations de chaque site sont séparées de 1 à 30km. Donnez la signification biologique et l'explication possible (reproduction, histoire des pop, démographie, force évolutive, ...) des 5 résultats suivants.
A) Fis de pop du Gabon = 0, Fis de Sao Tomé= 0,5
B) Hs du Gabon = 0,7, Hs de Sao Tomé = 0,3
C) Fst entre pop du Gabon=0,05 et Fst entre pop de Sao Tomé = 0,15
D) Le Fst entre les pop d'un même site n'est lié à la distance. Mais le Fst de l'ensemble des pop des deux zones est lié à la distance.
E) Fst < Rst (je ne me rappelle plus des valeurs)


Exercices (avec notes)
1) Il y a une généalogie, les individus fondateurs sont a, b, c, ils engendrent la génération 1 qui est composée de d, e et f. Eux-mêmes donnent la génération 2 : g, h et i.
a) Calculer des fij et fi (je ne sais plus lesquels)
b) Quelle est la taille efficace Ne de la pop?
c) Calculez le coefficient de consanguinité populationnelle de la dernière génération à partir de ce Ne
d) Calculez à partir de la généalogie le coef de consanguinité populationnelle de la dernière génération et expliquez pourquoi celui-ci est plus faible que le précédent.

2) 2 populations de chiens. Dans la première A est dominant et a possède une valeur sélective de 10% inférieure à celle de A. Dans la pop 2, A est contre sélectionné (20% moins "fit") par rapport à a.
a) quelles sont les fitness relatives de chaque génotype dans chaque population
b) quelles sont les f à l'équilibre sélection-dérive
c) Si Fst = 0,2 (population non isolées), estimez la migration
d) Quel effet a cette migration sur les fréquence alléliques? Même question si Fst=0,001

3) Grenouilles tétraploïdes, on teste un gène mitochondrial et un gène nucléaire dans un échantillon de 2 individus. Le temps de coalescence de deux copies du gène mitochondrial est de 1000 générations. Calculez le temps de coalescence de toutes les copies du gène nucléaire pour ce même échantillon.

Je suis impressionnée par la précision de ta mémoire quant à la retranscription des questions

Bah écoute, je sais pas combien de fois je les ai lues pour être sure de les interpréter comme eux, avec leurs pièges et tout... Pfff !