Clarification par Kruys et Geydan

par romain Mar 19 Jan - 16:06

Voila pendant le blocus, je lui avais posé quelques petites questions concernant le cours. Voici ses réponses

Bonjour,

je te repond point par point ci-dessous.
A bientot,
Veronique Kruys

>Bonjour,
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>Je suis étudiant en MA1 bioingénieur à l'ULB et j'ai suivi votre cours de biologie moléculaire du gène ce quadrimestre. En relisant votre cours concernant l'interférence ARN, j'ai eu quelques soucis de compréhension pour certains points.
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>Pour commencer, j'ai une question sur le slide qui explique la mise en évidence du phénomène d'interférence chez la drosophile (fichier joint) Le diagramme nous montre que lorsqu'on injecte uniquement des ARN d'un même sens, il y a quand même une très faible fraction de phénotypes mutants. Or, nous avons vu avec l'expérience sur Elegans, qu'il fallait nécessairement injecter les deux sens pour qu'il y ait une interférence et donc un phénotype mutant. Ces mutants de drosophiles sont-ils dû à un autre phénomène?

- Il ya en effet un effet de l'ARN sens qui est d'ailleurs plus marqué qu'avec l'ARN antisens, ce qui est curieux mais qui reste malgré tout très faible par rapport à la reconstitution du phénotype mutant par l'ARN double brin.
Je ne sais pas a quoi c'est dû (effet non-sepcifique ?). Mais je pense que l'ordonnée ne donne pas le nombre de mutants par rapport au nombre de mouches traitées mais donne un score par rapport au phénotype muté obtenu par KO génomiques des gènes(100%). Il s'agit donc d'un phénotype muté "atténué".

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>Ma deuxième question concerne la complémentarité entre le brin guide (associé à RISC) et l'ARN cible. A partir de l'étude de let-7, nous avons conclu qu'il fallait une complémentarité parfaite entre les deux brins pour qu'il y ait une dégradation de l'ARN cible. Mais le slide d'après, on voit qu'il est possible de dégrader l'ARN cible même avec une complémentarité imparfaite . En effet, RISC recrute des facteurs qui éliminent la coiffe et la queue polyA (ce qui permet l'action d'exonucléases). S'agit-il d'une exception?

- c'est possible, ce n'est pas encore très clair dans la littérature. Il semble surtout que le mécanisme d'inhibition (degradation/inhibtion de la traduction) soit variable d'un organisme a l'autre et c'est probablement dû à une variabilité du répertoire et des propriétés des protéines Ago dans chaque organisme.
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>Troisièmement, ça concerne l'inhibition non spécifique lorsque le dsRNA est supérieur à 21 nucléotide. Si elle n'est pas spécifique, elle devrait inhiber l'ensemble des ARNm?

- C'est en effet le cas.

>Enfin, pour la partie du cours sur la régulation de la traduction, nous avons vu que le rapport entre eIF2B et eIF2 est de 0,2. Par conséquent, il suffit que 20% de eIF2 soient phosphorylés pour inactiver eIF2B (c'est l'élément limitant). Je ne comprend pas trop car il me semble que eIF2B peut regénérer les 80% autres eIF2? Donc au lieu de régénerer 100% d'eIF2, il en régénéra que 80 et vu que c'est le facteur limitant le taux d'eIF2-GTP sera toujours maximal. Je vois pas où je me trompe dans mon raisonnement. J'ai aussi lu que malgré la phosphorylation, le facteur d'échange peut s'associer avec eIF2. Serait-il sequestrer tant qu'il n'y a pas eu formation de GTP?

- c'est cela la reponse. EiF2-P séquestre eiF2B et donc qd 20% de eIF2 est phosphorylé, 100% de eIF2B est inactivé.

Pareil pour Geydan

> Bonjour,
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> j'ai suivi votre cours de biologie moléculaire du gène que vous donnez entre autre aux bioingénieurs de MA1. En le relisant, j'avais quelques questions auxquelles j'ai pas réussi à trouver de réponses. C'est pourquoi je me suis permis de vous les transmettre. Je me rend bien compte qu'il est pas toujours évident de donner des explications par mail c'est pourquoi j'ai essayé d'être le plus précis possible.
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> - Dans un gel d'électrophorèse, les formes circulaires d'ADN migrent moins vite que les formes avec extrémités libres?
>
pas forcément, la migration d'une forme circulaire dépend de sa conformation. Les formes "superenroulées" vont migrer plus rapidement car elles sont compactes. Les formes relaxées migreront plus lentement.

> - Je comprend pas trop comment les "insulators" délimitent-ils l'influence d'un enhancer (j'ai mis le schéma en fichier joint)? S'agit-il de séquences qui recrutent des protéines qui elles-mêmes interagissent avec celles qui se fixent sur l'enhancer, empêchant ces dernières de réagir avec les facteurs de transcription? Dans ce cas, je suppose qu'il y a aussi une régulation au niveau de la fixation des protéines sur ces insulators? Et j'ai aussi noté que les insulators évite une double action. Je comprend pas le sens de 'double'? Pour moi, soit l'enhancer participe à activer la transcription soit il n'y participe pas.
>

Les isolateurs peuvent fixer des protéines et leur activité peut donc être régulée. Je pense que j'ai parlé "de double action " pour expliquer que 'lisolateur peut moduler l'action d'un enhancer donné vis à vis de son promoteur et également empêcher des enhancer d'agir sur des promoteurs qui ne sont pas les bons.

> - Concernant la mise en évidence des gènes mosaïques par la nuclease S1, j'ai du mal à interpréter la photo sur gel(voir schéma ci-joint). Le résultat de la colonne de gauche représente bien l'hybride ARN/ADN tandis que celui de la colonne centrale est la sonde d'ADN monobrin. Pourquoi ne voit-on pas dans la colonne de gauche, la tâche correspondant aux fragments d'ADN dégradées par la nucléase? Sont-ils tellement petit qu'ils sont sortis du gel?

Sur ce schéma la sonde n'est marqué qu'à une seule extrémité (5' sur ce schéma). On ne voit par autoradiographie que la partie de la sonde qui est du coté marqué.

> -La théorie du double hit stipule que les deux copies d'un gène impliqué dans un cancer doivent être mutés, une fois de manière hériditaire, une fois de manière acquise. De manière acquise, cela signifie que la mutation s'est faite après la fécondation?

Oui

>
> merci beaucoup pour votre aide
>
> Romain