Chapitre 7 - Exercices 4 et 5

On ne les a pas faits non plus...

4) Pas vraiment sûre, moi j'ai regardé avec la méthode Cornuet et Luikart. On observe 50% d'hérérozygotie. Or si on calcule l'H attendue : 1 - 0,76²-0,17²-0,06²-0,01² = 39%. On peut donc supposer un bottleneck (car ça fait diminuer l'hétérozygotie attendue). Attention, ce test ne différencie pas bottleneck et populations à forte diversité...

5) j'obtiens d = 3,27 - 2,19 donc D=1,08/0,463=2,33 >0 donc bottleneck (ou sélection en faveur des hétérozg) mais je vois pas comment comparer ça avec les séquences, est-ce logique ou non? ....

Bah dites moi si vous obtenez pas la même chose, ou si vous faites autrement

Dis sophie
je comprend pas comment tu as calculé Opi et Os... je viens d'essayer et je n'y arrive pas!

Pour la réponse 4 le prof a dit "compatible avec le théorie neutraliste" hm hm... je trouve pas ça suffisant comme explication lol!
Pour la réponse 5 tu as la bonne réponse, enfin le prof a dit que c'etait 2,65 mais qu'on peut ne pas avoir cette reponse exact selon les chiffres significatif que tu prends.

Comment calcules tu les 2 têtas, je viens aussi d'essayer mais je trouve pas

J'ai fait : théta pi = E(pi) = la somme du nombre de substitution entre toutes les séquences prises 2 à 2 divisée par 15 (car 15 combinaisons de 2 séquences). J'ai donc théta pi = (1+0+5+5+5+1+5+5+5+5+5+5+0+1+1)/15

Théta s = S/a1 = nombre de sites de polymorphismes (à combien d'endroits différents on a des substitutions?)/ somme de 1 à n-1 de (1/i) = 5 / (1+1/2+1/3+1/4+1/5) car n=6 (6séquences)

So a écrit:On ne les a pas faits non plus...

4) Pas vraiment sûre, moi j'ai regardé avec la méthode Cornuet et Luikart. On observe 50% d'hérérozygotie. Or si on calcule l'H attendue : 1 - 0,76²-0,17²-0,06²-0,01² = 39%. On peut donc supposer un bottleneck (car ça fait diminuer l'hétérozygotie attendue). Attention, ce test ne différencie pas bottleneck et populations à forte diversité...

Pour la 4, moi j'ai juste calculé les fréquences alléliques observées (soit 0,75 ; 0,175 ; 0,05 et 0,025 respectivement pour les allèles A1, A2, A3 et A4) et j'en ai conclu qu'elles étaient fort proches de celles attendues et donc qu'on pouvait considérer qu'on est proche de l'équilibre dérive-mutation. Qu'en pensez-vous?

So a écrit:5) j'obtiens d = 3,27 - 2,19 donc D=1,08/0,463=2,33 >0 donc bottleneck (ou sélection en faveur des hétérozg) mais je vois pas comment comparer ça avec les séquences, est-ce logique ou non? ....

Bah dites moi si vous obtenez pas la même chose, ou si vous faites autrement

Pour la 5 j'obtiens pareil que toi. Sauf que pour faire plus simple au lieu de compter qu'il y a 15 comparaisons j'utilise l'estimateur pi^=2/(n(n-1)) E(pi)ij où E = somme et (pi)ij = nombre de substitution séparant les séquences i et j. Mais on obtient exactement la même chose
Et pour ce qui est du bottleneck et balancing selection , je pencherais plus pour un bottleneck à cause de la relativement grande ressemblance des séquences (càd un polymorphisme peu élevé et donc une diversité génétique faible)... qu'en penses-tu?

l'estimateur pi^=2/(n(n-1)) E(pi)ij où E = somme et (pi)ij = nombre de substitution séparant les séquences i et j.

Moi je trouve: 2 x (1+0+5+5+5) / (6x5) = 1,066
donc j'ai un d négatif