Chapitre 8 - Exercices 2 et 4

Exercice 2
J'ai appelé mes séquences d'ADN 1,2 et 3 pour le lac 1 et A, B pour le lac 2
En faisant le réseau d'haplotypes, j'obtiens une longue ligne B-?-A-?-?-?-3 et 3 se divise pour donner -?-1 d'un coté et -?-2 de l'autre.
Donc on a deux populations monophylétiques, assez fort différenciées (les allèles les plus proches sont A et 3, séparés de 4mutations). Je dirais donc différenciation allopatrique, l'ancêtre commun des deux pop doit être aussi vieux ou plus vieux que la séparation géographique des deux pop. On peut par exemple imaginer que toute la région était sous eau et puis que le niveau a baissé, il reste uniquement de l'eau dans les zones les plus basses (2lacs) et les pop se sont donc différenciées à partir de là.

Pour les séquences suivantes, je les ai appelées 1,2,3 pour lac1 et A,B,C pour lac 2.
J'obtiens un réseau tout à fait différent : 2-B-A-?-?-?-3 et 3 se divise en -?-1 et -?-C. Si on entoure le groupe 1,2,3, on voit que c'est paraphylétique, même chose pour l'autre groupe. De plus, les allèles les plus proches entre les 2 populations (B et 2) sont séparés d'une seule mutation. Donc je dirais séparation plus récente (mais alors c'est étrange qu'on ait pas quelques allèles en commun dans les 2 pop, ça pourrait être dû à un échantillonnage trop petit) ou alors on a des séquences d'ADN mitochondrial dans le premier cas (le E(T) moyen est plus court pour l'ADN mitochondrial car Ne est 4x plus petit que pour nucléaire) et ADN nucléaire dans le deuxième cas, pour lequel la différenciation n'est pas encore faite (à nouveau c'est bizarre de pas avoir d'allèles en commun...)

Exercice 4
On voit deux groupes monophylétiques, séparés par un grand nombre de mutations. On peut déjà dire qu'il n'y a pas de migration des femelles (car ADN mitochondrial) entre les deux pop. De plus, le motif en étoile à droite pourrait être du à une expansion démographique. Si on regarde en plus la répartition géographique, on voit que tous les allèles du groupe de gauche (1 à 10) sont dans le Sud (Algérie, Espagne,...) alors que ceux de droite (11 à 20) sont répartis plus au Nord. En combinant ces infos, on peut émettre l'hypothèse que la pop de départ (un des points noirs) a été séparée en 2 à un moment, et ces deux populations ont été séparées géographiquement pendant très longtemps, se sont différenciées et ont donné les allèles 9 et 20 respectivement. Il est probable que le 9 soit resté dans la région d'origine et le 20 se soit déplacé car cela pourrait expliquer le motif en étoile : le 20 a colonisé un nouveau territoire, rempli de ressources donc expansion démographique. (Peut être aussi qu'une des mutations accumulées par 20 donne une meilleure adaptation aux conditions du Nord, c'est pourquoi 9 est cantonné au Sud et 20 peut s'étendre dans le nord, sans compétition).

Qu'en pensez-vous?

Pour le 2, je comprends pas ton histoire de 1,2,3 pour le locus 1 et A,B pour le locus 2. Je pensais effectuer un tableau en analysant le nombre de séquence qui différe, en comparant 2 à 2 les séquences et donc faire un haplotype pour le locus 1 et un pour le locus 2.


Pour le 4, suis d'accord avec ton raisonnement

Ce sont deux lacs différents, pas des locus. Donc 2 populations d'une même espèce, c'est pour ça que je rassemble les deux lacs dans un seul haplotype.
Donc je compare toutes les séquences des deux populations 2 à 2, pour voir le motif que ça donne, et de là on émet des hypothèses...

Ex2 : Dans les exos que j'ai d'une personne de l'année dernière, elle a fait un tableau de comparaison et dessiner son réseau d'haplotypes. Il en a été conclu qu'il y a avait 2 groupes monophylétiques, sans plus -_-'

(je l'ai pas encore refait donc si j'ai le courage de la faire j'en dirais plus sur tes déductions)

C'est déjà ça... A priori, on sait pas dire grand chose d'autre, le reste ce sont des hypothèses...

Je comprends toujours pas comment tu réalises ton réseau.
Si je compare toutes les séquences et je fais un réseau, j'ai certaines séquences qui se recoupent car elles n'ont pas de mutations en commun..
Et je comprends toujours pas à quoi correspondent le 1,2,3 et A,B... Sorry..