Matrice de score

Hello,
par rapport à PAM et BLOSUM, ce sont sensé être des matrice de score pour faire des alignements ensuite avec des algorithmes, mais dans les slides elle présente ces deux matrices sous forme de triangle...
Et donc pour smith et waterman, qui sont les algorithmes, on utilise une matrice de similarité qui sort de nulle part.. on utilise pas pam et blosum? Ou c'est soit matrice unité et sans pénalité, soit matrice de similarité avec pénalités soit encore pam et blosum?

Merci

elles sont sous forme de triangle parce qu'elles sont symétriques je pense... Pour le reste, euh.... je dois encore vérifier

Pour une bonne explication des matrices PAM et BLOSUM&co:

http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/Page2/BIOINFORMATIQUE/7ModuleBioInfoJMGE/99Matrice/1Matrice.htm

Et comme c'est expliqué sur le site: tu prends une matrice unitaire.

Mais je pense que tu pourrais prendre comme matrice BLOSUM ou PAM, c'est juste dans ce cas ou elle prend l'exemple d'une matrice unitaire.
Pour le triangle c'est normal, comme l'autre partie du triangle ou tu as rien, ce sera les mêmes valeurs...

(déso pour les fautes de français)

En fait, un peu plus tard, le slide où elle compare les deux programmes, elle dit que pour Needleman-Wunsch, les éléments de la matrice de similarité doivent être > ou = à 0. Donc je ne pense pas que dans ce cas tu puisses utiliser ta matrice PAM ou BLOSUM. Maintenant pourquoi cette restriction, ça je ne sais pas...

En fait je suis un peu bête (ou fatigué) pam et blosum c'est pour les séquences protéiques, et dans l'exemple elle utilise une séquence ARN ...